Інноваційні наукові підрозділи:
1. Науково-дослідний центр гендерної освіти (1998). Керівник: Кирилюк Г.В., кандидат педагогічних наук, доцент.
2. Консультативно-методичний центр «Довіра» (2010). Керівник: Колишкін О.В., кандидат педагогічних наук, доцент.
3. Ресурсний центр – центр трансферу технологій кафедри спеціальної та інклюзивної освіти (2017). Керівник: Косенко Ю.М., кандидат педагогічних наук, доцент.
4. Навчально-науковий консультаційний центр надання психологічної допомоги населенню (2015). Керівник: Дворніченко Л.Л., кандидат філософських наук, доцент.
Міжвідомча науково-дослідна лабораторія:
1. Лабораторія корекційної-реабілітаційних технологій (2011) співзасновник – Інститут спеціальної педагогіки НАПН України. Керівник: Боряк О.В., доктор педагогічних наук, професор.
Традиційні наукові підрозділи:
1. Лабораторія з актуальних проблем порівняльної педагогіки (1990). Керівник: Сбруєва А.А., доктор педагогічних наук, професор.
2. Лабораторія психології розвитку особистості (2006 ). Керівник: Кузікова С.Б., доктор психологічних наук, професор.
3. Лабораторія методології практичної психології (2014 ). Керівник: Щербакова І.М., кандидат філософських наук, доцент.
4. Лабораторія проблем інклюзивної освіти (2017). Керівник: Бондаренко Ю.А., доктор педагогічних наук, професор.